二是基础数据信息更新滞后。尽管目前实现了国、地税联合办税，地税与国税、工商等综合治税部门建立了信息交换制度，但各部门往往是各自运行自己的软件，没有搭建信息化支撑下的部门数据信息互通平台，信息不能实现适时传递共享。而且由于纳税人频繁变换经营地址，而且不及时到地税进行税务登记、变更等，因此，“金三”系统内基础信息更新慢。如，至2015年10月份，经国、地税信息比对，朔城区国税局共办理税务登记证3753户，但通过查询核对发现，仍有300多户管户由于无经营地址等信息或者信息资料不详，“凭空”消失，流离于地税正常管理范围之外。
三是数据分析方式不科学。尽管地税主要依靠日常工作中获得的征管数据信息来判断税源结构和税收形势，数据信息对税收征管的支持和促进作用逐步显现。但是目前的数据信息分析运行方式不够科学，主要是“采集→汇总→分析→决策”的直线型分析模式，而且主要是针对纳税人提供的数据信息进行分析，如果纳税人上报的数据本身就是虚假、错误信息，就不能真实地反映出纳税人的生产经营、实际税负等，这样一来就会导致汇总数据难以客观反映征管质量的变化趋势，不能为开展组织收入工作提供正确的决策思路。另外，日常工作中，有的股所每月只报数据，不报税源分析，所以造成了税源分析的相对滞后。再者，大量核心分析仍依靠人工完成，存在着一定的主观性和随意性，不同人员对同一数据的分析结果可能大相径庭，这样就会影响到分析效果，一定程度上影响了宏观分析的科学性和实效性。